Après la déchéance de l'Empire suite à la destruction de la deuxième Etoile Noire (Le retour du Jedi), le Grand Amiral Thrawn va devenir le nouveau chef de file et le nouvel espoir de la renaissance de l'Empire.

Thrawn est très certainement le plus grand et le plus doué pour les startégies de guerre, et il va être tout près de redonner à l'Empire déchu sa suprématie dans l'Univers, car la Nouvelle République n'avait pas la connaissance d'une telle menace (L'héritier de l'Empire).

Echouant dans la première grande bataille, l'opposant à la Nouvelle République, il va s'accapparer le soutient d'un Maître Jedi fou, Jorus C'Boath. Avec l'aide de ce nouvel allier à ses côtés, le Grand Amiral Thrawn prépare sa nouvelle armée de clones-soldats pour composer la nouvelle flotte qu'il a arrachée à la Nouvelle République (La bataille des Jedi).

Le seul espoir pour la Nouvelle République, pour anéantir cette nouvelle menace, est de découvrir, avant qu'il ne soit trop tard, la fabrique de clonage de l'ancien Empereur et de la détruire. Mara Jade, anciennement "La Main de l'Empereur" du temps de la suprématie de l'Empire, va leur indiquer la position de la planète Wayland qu'ils vont réussir à anéantir et le Grand Amiral Thrawn va trouver la mort sur le Super-Croiseur Chimaera (L'ultime commandement).